本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
张生白以追逐利益为先，而李成乾则追求诚信，张生白用诡计迫使李成乾离职。李成乾回乡途中遭遇车祸，被凤凰村村民赵富贵舍命相救。为了报恩，李成乾留在凤凰村教书育人，并抚养救命恩人之子赵出息。其间李成乾与徒弟简影秘密创办公司，将一生经验传给赵出息，并留下重要遗嘱。赵出息为改善家乡环境出来打工，在李成乾女儿李青衣的安排下与简影重逢，加入三江集团。在企业危机中，他稳住现金流，揭露幕后黑手，根据遗嘱成为董事长。凤凰村遭泥石流，赵出息挺身而出，却和张生白再次产生矛盾。李青衣公开事件真相，张生白悔不当初并承认了错误。凤凰村的重建工作如火如荼地展开。
